出版了《李君如著作集》18卷，其中由《毛泽东与近代中国》《毛泽东与当代中国》《毛泽东与毛泽东后的当代中国》组成的“毛泽东研究三部曲”获第11届“中国图书奖”；发表了《邓小平的“治国论”》等数百篇论文，其中《邓小平的“中国特色社会主义论”》《邓小平的管理思想与领导艺术》获中宣部“五个一工程”优秀论文奖。为第二届（2005）中国发展百人奖获得者。2008年荣获联合国“艾滋病防治特殊贡献奖”和澳大利亚金袋鼠奖。2017年被评为“影响中国”年度学者。